90eko hamarkadaren bukaeran izan zuen aldaketarik handiena, kristaletik metakrilatora pasatzean. «Akuario handiagoak edukitzeko aukera eman zigun, presio gehiago jasaten zuten, eta orduan sortu zen tunela, ia 2 milioi litroko akuarioa. 8.000 arrain dauzkagu hor eta orduan iritsi ziren ere bi zezen-marrazoak». 2008an akuario tropikal berriak jarri genituen, eta museoa eraberritu genuen.
«Euskaldunak itsasoarekiko dugun erlazio guztia» erakusten da museoan, 1878an harrapatu zen balea izanik erakusgai nagusia. 300.000 pertsonatik gorako bisitak jasotzen dituzte, «Euskal Herriko bigarren errekurtso turistiko bisitatuena izanik, Guggenheim museoaren ondoren. Haur asko etortzen dira, hortaz, dioramak, maketak, fosilak eta bestelako eremuak ere ditugu». Arrainei dagokionez, 250 espezie desberdin dituzte, «baina Kantauri itsasoko espezieekin lan egitea gustatzen zaigu bereziki, gure itsasoan dauzkagun animaliak eta problematikak ezagutzera emateko». Horrez gain, 11 akuario tropikal dituzte, «oso arrain bereziekin».
Hainbat lekutan bezala, koronobirusaren ondorioak sufritu dituzte Aquariumean ere. «Hainbat hilabetez itxi behar izan genuen, baina gastua bera zen, animaliekin urteko 365 egunetan lanean behar dugulako, ateak ireki ala ez». Hala ere, «aurten datuak poliki-poliki hobera doaz. Azken urtean 250.000 bisitari baino gehiago izan ditugu. Eskerrak eman nahi dizkiegu nafarrei eta euskaldun guztiei beraiek izan direlako gehien etorri direnak».